Sejarah pulau Jawa antara 1600 hingga 1649 kebanyakan berisakan cerita peperangan Jawa. Era 1600 adalah tahun VOC datang ke Indonesia dan perlahan lahan mencengkeram kekuasaan di Pulau Jawa dan terus memperlebar wilayah jajahannya melalui jalur politik.
Pada 50 tahun ini kerajaan Mataram Islam cenderung melakukan perluasan kekuasaan ala Demak. Satu hal yang menarik disini adalah belum ada bentrokan antara Mataram dengan Cirebon maupun Banten. Kemungkinan besar adalah leluhur pendiri kerajaan mereka, Banten dan Cirebon adalah sama sama ulama dan tokoh penting penyebar Islam di pulau Jawa.
DEKADE 1600
1600M
- Adipati Pati, Adipati Pragola memberontak kepada Mataram.
- Maulana Hasanudin, putra Sunan Gunung Jati mendirikan benteng yang diberi nama surosowan.
1601M
- Panembahan Senopati Wafat. Dimakamkan di kutagede. Dilanjutkan oleh Panembahan Hanyokrowati. Sementara Pangeran Puger diangkat oleh raja baru untuk jadi bupati di Demak.
1602M
- Mangkubumi Jayanegara, Patih wali Kesultanan Banten Wafat.
- Pangeran Hanyokrowati diminta mundur oleh Pangeran Puger karena dianggap tidak cakap memimpin Mataram.
1605M
- Sunan Prapen alias Sunan Mas Ratu Pratikal ,Wafat. Digantikan oleh Sunan Kawis Guna.
- Bupati Kendal pertama, Tumenggung Bahurekso,diangkat oleh Pg. Hanyokrowati.
- Pemberontakan Pangeran Puger mampu dikalahkan. Sang Pangeran dibuang ke Kudus.
1607M
- Pemberontakan Adipati Ponorogo by RM Barthohot / pangeran jagaraga / jayaraga.Dibuang ke Nusa Kambangan.
1608M
- Maret 8, Perang saudara rebutan tahta kesultanan Banten Meletus. Hingga setahun.
- Pemberontakan Kediri
DEKADE 1610
1610M
- Pangeran Hanyokrowati memimpin serangan ke Surabaya.
- VOC mengangkat Gubernur Jenderal Pertamanya, GubJen Pieter Both.
1611M
- Perjanjian antara VOC dengan Pangeran Jayakarta perihal bisnis, hukum,perdagangan dan keamanan.
- VOC mendirikan benteng di Jayakarta.
1613M
- Gudang penyimpanan milik VOC, Nassau telah selesai.
- Pangeran Hanyokrowati mengirim surat kepada Gubernur Jenderal VOC, Pieter Both ,untuk ber aliansi menyerang Surabaya pimpinan Pangeran Jayalengkara.
- Pangeran Hanyokrowati wafat saat berburu kidang, digantikan oleh Panembahan Agung. Dikenal dengan sebutan Sultan Agung Hanyokrokusumo.
1614M
- Utusan belanda datang .Akan tetapi diancam agar jangan coba coba menguasai Pulau Jawa oleh Panembahan Agung.
- Pieter Both digantikan oleh Gerard Reijnst.
- Panembahan Agung menguasai Pasuruan dan Malang.
- Proyek perencanaan pemindahan ibukota baru dimulai. Lokasi ditetapkan di daerah Karta.
1615M
- Panembahan Agung menguasai Wirasaba ( sekarang Mojo Agung )
1616M
- Panembahan Agung menguasai Lasem.
- Gubjen Gerard wafat, digantikan oleh Laurens Reael.
1617M
- Panembahan Agung menyerang Pasuruan. Pimpinan perang: Tumenggung Mataralaya / Martoloyo. Bupati Pasuruan lama sebelumnya dipimpin oleh Tumenggung Kepulungan diganti dengan adipati mataram yang bernama Darmoyudho I.
1618M
- Tidak betah memimpin VOC yang penuh intrik, Laurel mengundurkan diri, digantikan oleh Jan Pieterszoon Coen. Oleh Gubjen baru, rumah Mauritius disulap menjadi permanen dan dilengkapi dengan meriam. Hal ini membuat pangeran Jayakarta gerah.Pangeran Jayakarta berkoalisi dengan pedagang Inggris untuk perang kecil melawan Belanda.
- Diperkirakan tahun ini ada Tsunami di Laut Selatan.
- Kasus penyerangan pos dagang VOC dan penawanan pegawai VOC yang disinyalir dilakukan oleh kelompok Panembahan Agung. Sebagai balasan, semua kapal Jawa yang sandar di Pelabuhan milik VOC dibakar.
1619M
- Jan Pieter balik dari Maluku membawa bantuan militer. VOC menyerang pangeran Wijayakrama BAnten, sehingga Jayakarta jatuh ke tangan VOC.Jayakarya diganti menjadi Batavia.
- Panembahan Agung menguasai Tuban.Benteng Kumbakarna Tuban jatuh ketangan Mataram. Pangeran Dalem adipati Tuban, Melarikan Diri. selanjuntya Bupati Tuban diganti oleh kelompok Mataram, yakni Benun alias Pangeran Pojok.
DEKADE 1620
1621M
- Pangeran Kawis Guna digantikan oleh Panembahan Agung Giri, sang anak.
1622M
- Proyek pembuatan Ibukota baru telah selesai.Mataram pindah dari Kutagede ke desa Kerta.
- Surabaya menguasai Sedayu dan Gresik .
- Mataram menguasai Sukadana, Kalimantan.
1624M
- Istilah raja baru: Susuhunan.
- Pangeran Abdul Mafakhir naik tahta setelah Banten dipegang wali negara. Sejak 1596 meninggalnya Sultan Maulana Muhammad.
- Panembahan Agung menaklukkan Madura. Surabaya semakin terjepit karena semua rantai supplai di blokade oleh Mataram.
1625M
- Surabaya ditaklukkan Panembahan Agung. Sebagai tanda perdamaian, putra PAngeran Jayalengkara, Pangeran pekik dinikahkan dengan adik Panembahan Agung yang bernama Ratu Mas Sekar. Efeknya adalah hubugan Mataram dengan VOC menjadi renggang.
- 1625 – 1627 Musim El Nino yang berakibat kekeringan panjang dan berakibat 2/3 penduduk Jawa Tengah dan 1/3 penduduk Banten tewas karena penyakit pes dan kelaparan.
1628M
- Pasukan Mataram mencoba membendung sungai Ciliwung tapi gagal. pembendungan dimaksudkan untuk mengurangi mobilitas ekonomi VOC via sungai.
- Bupati tegal, Kyai Rangga, pergi ke Batavia untuk lobbi perdamaian antara VOC dan MAtaram. Permintaan lobi damai ditolak VOC. Mataram menyatakan perang.
- Agustus. Bupati Kendal, Tmg Bahurekso, bawahan mataram, mengirimkan 59 kapal dan 900 prajurit untuk memerangi VOC di Batavia.Perang di benteng kecil Hollandia.
- Oktober. Pangeran Mandureja ( Cucu Ki Juru Martani ) membantu kelompok mataram untuk menyerang VOC.Diceritakan total kekuatan adalah 10ribu pasukan mataram.Sementara pasukan VOC yang telah dibantu oleh bala bantuan banten dan Pulau Onrust menjadi 530 prajurit. Mataram kalah karena salah perhitungan dan kalah perbekalan. Atas kekalahan ini Raja Mataram mengirim eksekutor untuk menghukum pancung Tumenggung Bahurekso dan Pangeran Mandureja.
- Ditemukan 744 mayat prajurit jawa yang gagal perang, diantaranya terpancung.
1629M
- Mei. Sultan Agung menyerang VOC di Batavia kali kedua.Pimpinan perang adalah Adipati Ukur.
- Juni. Pasukan kedua adalah adipati Juminah. Total Prajurit adalah 14 ribu orang. Mataram masih kalah karena perbekalan yang telah disiapkan telah dimusnahkan oleh VOC yang telah memeperoleh informasi dari mata mata VOC di area Kerawang dan Cirebon.Tahun ini adalah wabah kolera dan malaria yang mengakibatkan banyak pasukan mataram yang sakit.
- Juli. VOC menemukan kapal kapal perbekalan perang prajurit mataram dan selanjutnya membakar kapal kapal tersebut.Gudang logistik Tegal dan Cirebon.
- September. Pasukan belanda juga banyak yang terserang kolera termasuk JP Coen. Meninggal karena kolera. Diceritakan pada tahun ini Ciliwung berhasil dibendung dan dikotori oleh mataram hingga muncul wabah kolera ini.
DEKADE 1630
1630M
- Kelompok dari daerah Tembayat, yang muak dengan pemerintahan mataram yang hanya menyetorkan nyawa rakyatnya untuk perang, memberontak.
1633M
- Penanggalan jawa ( tahun SAKA ) dirubah menjadi penanggalan campuran Jawa Islam.
- Mataram menyerang Panarukan dan Blitar.
1635M
- Mataram menyerang Balambangan secara besar besaran. Tidak seberama lama mataram dipukul mundur oleh laskar Bali.
1636M
- Penyerangan Mataram atas Giri. Pemimpin perang adalah Pangeran Pekik, yang sekarang menjadi adik ipar Panembahan Agung.
- Mataram menundukkan Palembang.
1637M
- Mataram membuka hubungan dengan Banjarmasin.
1638M
- Blambangan ditaklukkan Mataram.
1639M
- Mataram mengirim duta ke Syarif Mekkah untuk meminta gelar Sultan.
DEKADE 1640
1640M
- Panembahan Agung mendapatkan gelar baru dari syarif Mekah: sultan Abdullah Muhammad Maulana Matarani.
1642M
- Sultan Agung jatuh sakit. Memerintahkan untuk membangun Proyek Komplek pemakaman dinasti mataram di Imogiri.
1643M
- 1643- 1644 Epidemi di daerah Mataram.Diceritakan bahwa tiap hari ada ratusan orang mati karena wabah ini.
1645M
- Sultan Agung wafat. Digantikan oleh RM sayidin yang biasa disebut dengan Amangkurat 1.
- Bupati Pasuruan, Darmoyudho I digantikan oleh puteranya, Ki Ageng Dharmoyudho II.
1646M
- Amangkurat I melekukan perjanjian persahabatan dengan VOC. Isi perjanjian antara lain tukar menukar tawanan perang dan mengembalikan uang rampasan utusan Sultan Agung saat ke Syarif Mekah pada 1642.